激しい悪霊との戦いの後、アイは姿を消し再び何事もなかったかのように秋俊の日常は流されていた。しかし秋俊の心にはアイとの出会いが大きく、その想いは日々募っていった。そんな中、再び悪霊が牙を剥き出し学園を襲った。一人目の犠牲者は、結亜の同級生である聡恵だった。行方不明となった聡恵を心配する結亜の気をよそにアイへの想いに耽る秋俊。そんなとき、結亜までもが何者かに攫われた。必至で結亜を探す秋俊はふとした事から一連の事件と悪霊の正体を知った。その驚くべき正体とは…アイは再び現れるのか！？…うねりを上げた無数の触手が学園を襲う！！大人気18禁PCゲーム「魔法少女アイ」・アニメシリーズ第3弾パワーアップしていよいよ登場！